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分享ggpubr 包:教你绘制密度图、直方图、柱状图

2020-12-28 09:23
科研菌
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# 修改x轴区间个数:gghistogram(df1, x="weight", add = "mean", rug = TRUE, color = "sex", fill = "sex",            palette = c("#00AFBB", "#E7B800"),bins = 50)

# 添加密度曲线gghistogram(df1, x = "weight",            add ="mean", rug = TRUE,            fill ="sex", palette = c("#00AFBB", "#E7B800"),            add_density =TRUE)

# y 设置为密度gghistogram(df1, x = "weight", y = "..density..",            add ="mean", rug = TRUE,            fill ="sex", palette = c("#00AFBB", "#E7B800"),            add_density =TRUE)

# 设置分组分面

gghistogram(df1, x = "weight", facet.by = "sex",            add ="mean", rug = TRUE,            fill ="sex", palette = c("#00AFBB", "#E7B800"),            add_density =TRUE)

# 设置分面各组的标题

gghistogram(df1, x = "weight", facet.by = "sex",             panel.labs = list(sex = c("Female", "Mmale")),            add ="mean", rug = TRUE,            fill ="sex", palette = c("#00AFBB", "#E7B800"),            add_density =TRUE)

gghistogram 函数:

用法:
gghistogram(data, x, y = "..count..", combine = FALSE, merge = FALSE,            color = "black", fill = NA, palette = NULL, size = NULL,            linetype = "solid", alpha = 0.5, bins = NULL, binwidth = NULL,            title = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL, facet.by = NULL,            panel.labs = NULL, short.panel.labs = TRUE,            add = c("none", "mean", "median"), add.params = list(linetype = "dashed"), rug = FALSE,            add_density = FALSE, label = NULL, font.label = list(size = 11, color = "black"),            label.select = NULL, repel = FALSE, label.rectangle = FALSE,            ggtheme = theme_pubr(), ...)

参数:

data

所需的数据框(dataframe)

x

x轴作图所需的数据

y

设置为密度或count数("..density.." or "..count..")

combine

对于多个变量的数据是否分面。逻辑值,默认是FALSE。

merge

对于多个变量数据是否合并,默认是FALSE

color, fill

线条颜色与填充色

palette

自定义颜色画板

size

设置点和轮廓的大小

linetype

线条类型

alpha

透明度设置

bins

bin(x轴的区间)的个数,默认最高到30

binwidth

bin的宽度,数值在(0,1)

title

设置标题

xlab

设置x轴标题

ylab

设置y轴标题

facet.by

设置分组分面

panel.labs

设置分面各组的标题

short.panel.labs

是否缩写分面标题,逻辑值,默认是TRUE。

add

添加均值或中位数线("mean" or "median")

add.params

给add参数的对象添加其他参数/属性

rug

是否添加边际线

add_density

是否添加密度曲线

label

设置列标签

font.label

设置标签字体

repel

逻辑值,是否使用ggrepel避免字体重叠

label.rectangle

是否给标签添加方框

ggtheme

设置画图主题


柱状图

#先构建数据集
df2 <- data.frame(dose=c("D0.5", "D1", "D2"),                  len=c(4.2, 10, 29.5))head(df2)# dose len# 1 D0.5 4.2# 2 D1 10.0# 3 D2 29.5

# 柱状图基础版本:ggbarplot(df2, x = "dose", y = "len")


# 添加y的值作为标签ggbarplot(df2, x = "dose", y = "len",          label = TRUE, label.pos = "out")


# 更改柱子的宽度ggbarplot(df2, x = "dose", y = "len", width = 0.5)

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