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分享ggpubr 包:教你绘制密度图、直方图、柱状图

2020-12-28 09:23
科研菌
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今天我们要分享的R包是 ggpubr 包,它是一款基于ggplot2的可视化包,功能非常强大,能够一行命令绘制出符合出版物要求的图形。ggpubr 包可绘制的图形类型非常多,有密度图、直方图、柱状图、饼图、棒棒糖图、Cleveland 点图、箱线图、小提琴图、点带图、点图、散点图、线图、误差棒图……哈哈,有木有很期待接下来这个 ggpubr 包的学习了呢!别急,这个包的内容实在是有点多哈,接下来我们会分3期进行详细的讲解,记得紧跟我们的学习哦~

先简单介绍一下今天要分享的绘图内容,分别有:密度图、直方图、柱状图、饼图、棒棒糖图、Cleveland 点图。

接下来,先安装 ggpubr 包:

# Install from CRAN:install.packages("ggpubr")library(ggpubr)

密度图

#先构建数据集
set.seed(1234)df1 <- data.frame(sex=factor(rep(c("F", "M"), each=200)),                 weight=c(rnorm(200, 55), rnorm(200, 58)))
head(df1)#   sex   weight# 1   F 53.79293# 2   F 55.27743# 3   F 56.08444# 4   F 52.65430# 5   F 55.42912# 6   F 55.50606
tail(df1)#     sex   weight# 395   M 58.52875# 396   M 58.78939# 397   M 58.45710# 398   M 58.53883# 399   M 58.01464# 400   M 57.08351

# 基础样式,添加均值线和地毯线,密度图展示不同性别分组下体重的分布,X轴为体重,Y轴为自动累计的密度ggdensity(df1, x = "weight", fill = "lightgray", add = "mean", rug = TRUE)

# 根据分组设置线条颜色和填充

ggdensity(df1, x="weight", add = "mean",           rug = TRUE, color = "sex", fill = "sex",          palette = c("#00AFBB", "#E7B800"))

# 更改自定义颜色ggdensity(df1, x="weight", add = "mean", rug = TRUE,           color = "sex", fill = "sex",          palette = "npg")

# 限定x轴取值范围ggdensity(df1, x="weight", add = "mean", rug = TRUE,          color = "sex", fill = "sex",          palette = "npg") + xlim(53,60)

# 设置分组分面,更改边框线类型ggdensity(df1, x = "weight", facet.by = "sex", linetype = "dashed",          add = "mean", rug = TRUE,          color = "sex", fill = "sex",          palette = c("#00AFBB", "#E7B800"))

接下来我们详细解读一下用到的 ggdensity 函数:用法:
ggdensity(data, x, y = "..density..", combine = FALSE, merge = FALSE,  color = "black", fill = NA, palette = NULL, size = NULL,  linetype = "solid", alpha = 0.5, title = NULL, xlab = NULL,  ylab = NULL, facet.by = NULL, panel.labs = NULL,  short.panel.labs = TRUE, add = c("none", "mean", "median"),  add.params = list(linetype = "dashed"), rug = FALSE, label = NULL,  font.label = list(size = 11, color = "black"), label.select = NULL,  repel = FALSE, label.rectangle = FALSE, ggtheme = theme_pubr(),  ...)

参数:篇幅有限,没有用到的自行探索~,有的参数在后面的其他图形还会讲解

data

所需的数据框 dataframe

x

进行作图所需的数据

y

设置为密度/数量(density/count)

combine

对于多个变量的数据是否分面

merge

对于多个变量的数据是否合并,默认是FALSE

color, fill

线条颜色与填充色

palette

自定义颜色画板

size

设置点和轮廓的大小

linetype

线条类型

alpha

透明度设置

title

设置标题

xlab

设置x轴标题

ylab

设置y轴标题

facet.by

设置分组分面

panel.labs

设置分面各组的标题

short.panel.labs

是否缩写分面标题,逻辑值,默认是TRUE。

add

添加均值线或中位数线,选项有"mean" or "median"

add.params

给add参数的对象添加其他参数/属性

rug

逻辑值,若为TRUE,在X轴上添加地毯线显示样本的分布

label

设置列标签

font.label

设置标签字体

repel

逻辑值,是否使用ggrepel避免字体重叠

label.rectangle

是否给标签添加方框

ggtheme

设置画图主题

直方图

用到的数据还是 df1,直方图只是把密度还原成了原始数据counts值gghistogram(df1, x="weight", add = "mean", rug = TRUE, fill = "lightgray")

# 按照分组设置边框颜色gghistogram(df1, x="weight", add = "mean", rug = TRUE,             color ="sex", palette = c("#00AFBB", "#E7B800"))

# 按照分组设置填充颜色

gghistogram(df1, x="weight", add = "mean", rug = TRUE, fill = "sex",            palette = c("#00AFBB", "#E7B800"))

# 同时设置边框和填充颜色gghistogram(df1, x="weight", add = "mean", rug = TRUE, color = "sex", fill = "sex",            palette = c("#00AFBB", "#E7B800"))

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